El término Chakra según Kishimoto es parecido a "La fuerza" e Star wars o "El Ki" en Dragon ball.En otras palabras es la energia que posee un ninja para realizar una técnica.Para realizar una técnica se debe mezclar la energia física (Cuerpo) y la energia espiritual (Espíritiu) de manera que si variamos un tipo de esta energia o otro nos dá técnicas distintas.Una vez mezcladas estas dos energias se debe hacer correctamente el sello para que finalmente se pueda ejecutar el Ninjutsu o Genjutsu que queramos realizar.
El chakra circula por el cuerpo por unos canales de chakra.Por entre esos canales hay unos puntos de chakra que son los que regulan la cantidad de chakra que pasa por los canales.En Konoha existen un tipo de técnicas llamadas técnicas blandas que mediante el golpeo de los puntos de chakra se puede cortar o aumentar el flujo de chakra por los canales.
Un factor muy a tener en cuenta en realación con el Chakra es la cantidad de chakra que posee el ninja que condicionara en gran medida el tipo de técnicas que pueden llegar a realizar los ninjas y la resistencia que estos tendrán a la hora de recibir ataques y ejecutar técnicas.Hay una serie de ninjas que son los Jinchurukis que tienen una cantidad ingente de chakra lo que normalmente les da ventaja tanto a la hora de combatir como a la de entrenar.
Otro factor muy importante es el control del Chakra pues si se posee un control adecuado del chakra se pueden realizar técnicas ninjas con la cantidad justa de chakra sin tener que desperdiciarlo inutilmente como es el caso de Naruto que no posee un buen control del Chakra, pero le queda compensado por su gran cantidad de chakra.Normalmente a los ninjas que les hace falta un mejor control del chakra es a los ninjas médicos

Hay ninjas que pueden combinar dos elementos para crear uno nuevo como por ejemplo Haku que combinaba agua y viento para crear espejos o Yamato y el Primer Hokage que combinaban los elementos agua y tierra para formar el elemento madera.Estas técnicas no pueden ser aprendidas por un ninja normal ni copiadas con el Sharingan pues son técnicas de linea sucesoria
Un ninja puede tener como máximo dos elementos de chakra como Yamato que usa el agua y el agua o Sasuke que utiliza la electricidad y el fuego.
Para saber que tipo de chakra dominante tiene un ninja, se utiliza un papel especial (hecho de árboles que se alimentan de chakra) y se observa la reacción del mismo ante el chakra del ninja.