¬Introducción: Episodios 1-5, Capítulos 1-8: Esta saga es la introducción de Naruto, Sasuke, Sakura, a su vida ninja y a la formación del equipo 7 junto con Kakashi.
¬El País de la Ola: Episodios 6-19, Capítulos 9-33: Esta saga es la primera misión importante que tiene el equipo 7. Han de escoltar al constructor de puentes, Tazuna, al País de la Ola. Deben protegerle de Gatō y de los ninjas que este ha contratado. En ella, se encuentran con Zabuza Momochi y con Haku, y luchan contra ellos. Al final, consiguen completar la misión, y Naruto encuentra su "Camino del Ninja".
¬El examen de Chūnin: Episodios 20-67, Capítulos 34-114,: En esta saga transcurre todo el examen de ascenso a Chūnin. Hacen aparición los nueve novatos, por primera vez juntos. También hacen aparición sus maestros, Jiraiya, Kabuto, Orochimaru y el equipo de la Arena y del Sonido.
¬La invasión de Konoha: Episodios 68-80, Capítulos 115-138: Esta saga interrumpe el examen de Chūnin con la invasión de Orochimaru a Konoha, su lucha contra el Hokage y la traición de la Aldea Oculta de la Arena. También contiene a Gaara desatando el poder de su Bijū, el Ichibi.
¬El retorno de Itachi: Episodios 81-85, Capítulos 139-148: Esta saga muestra a Itachi, junto con Kisame, volver a Konoha en busca de Naruto, así como la presentación de Akatsuki. También muestra la primera batalla entre Sasuke e Itachi, y el deseo de cada uno con el otro.
¬Buscando a Tsunade: Episodios 86-100, Capítulos 149-171: Esta saga cubre la búsqueda de Tsunade, por Naruto y Jiraiya, mientras que Naruto aprende el Rasengan. Por otra parte, Orochimaru y Kabuto Yakushi también la buscan, pero para que esta sane los brazos de Orochimaru.
¬Desenmascarando a Kakashi: Episodio 101: Esta saga, de un solo capítulo, cubre como Naruto, Sakura y Sasuke, intentan ver la cara que tiene Kakashi tras la máscara.
¬El país del Té: Episodios 102-106 (sólo en el anime): Este saga, es una pequeña misión, en la que el equipo 7, sin Kakashi, debe proteger a Idate Morino, el hermano pequeño de Ibiki Morino, a lo largo de una carrera. A la vuelta Sasuke empieza a darse cuenta de que Naruto se está haciendo más fuerte.
¬La recuperación de Sasuke: Episodios 107-135, Capítulos 172-238: Esta saga es cuando Sasuke toma la decisión de irse con Orochimaru para ser más fuerte. Esta saga se centra en a persecución de Sasuke y los combates que libra el equipo liderado por Shikamaru contra los 5 del sonido.

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SAGAS DE RELLENO

Para permitir al manga trabajar más libre, incluyeron episodios de relleno. Estos transcurren durante medio año después de la marcha de Sasuke. Estos capítulos no tienen importancia en la serie. Aunque dan datos sobre otros personajes, ya que cuenta la vida e historias que ayuda a comprenderlos. También muestra nuevas técnicas que van aprendiendo el resto de genin y sus progresos entrenando. Mientras, ponen a Jiraiya espiando a Akatsuki, y a Tsunade preocupada por que Naruto no vaya en busca de Sasuke. Una vez terminados, Naruto se va con Jiraiya durante dos años y medio.

¬Infiltrándose en los dominios de Orochimaru: Episodios 136-141: Esta saga cubre el intento de Jiraiya, Naruto y Sakura, de seguir la pista de Sasuke en los dominios de Orochimaru, así, como el descubrimiento de su Aldea Oculta del Sonido.
¬La venganza de Mizuki: Episodios 142-147: Esta saga cubre el retorno de Mizuki, en donde intentará vengarse de Naruto e Iruka.
¬Bikōchū: Episodios 148-151: Esta saga trata acerca de una misión propuesta por Hinata, que consiste en la búsqueda de un insecto capaz de seguir el rastro usando el más mínimo olor. Lo quieren usar para encontrar a Sasuke.
¬Raiga: Episodios 152-157: En esta saga, Naruto, Rock Lee, Neji y Tenten, tienen la misión de liberar una aldea del poder de Raiga Kurosuki. Éste es uno de los 7 Espadachines Legendarios de la Aldea Oculta de la Niebla y esperan obtener de él información sobre Akatsuki.
¬La misión de supervivencia: Episodio 158: Todos los genin de Konoha toman a su cuidado un grupo de 3 formado por estudiantes de la academia. Su misión es una prueba de supervivencia.
¬En busca del cazador: Episodios 159-160: Naruto, junto con Hinata y Kiba, han de capturar a un ladrón muy buscado. En cambio, también hay un cazarrecompensas tras de él y ellos deben ser los primeros en cogerlo.
¬Las bestias verdes: Episodio 161: Dos forasteros aprovechan la salida del pueblo de Lee y Gai para suplantarlos.
¬El país del pájaro: Episodios 162-167: Esta saga transcurre en un viaje al País del pájaro. Allí Naruto, Tenten y Neji deberan resolver un misterio sobre un fantasma. Pero, al final, se acaban involucrando en los conflictos internos del país.
¬El ninja cocinero: Episodio 168: En este episodio, Naruto, Sakura y Chōji ayudan a Ichiraku, el dueño del bar de ramen, a preparar el mejor ramen para unos Ryonin (Ninja-Cocineros) que secuestraron a su hija.
¬El país del mar: Episodios 169-173: Naruto, Ino, y Shino, bajo el mando de Anko, son elegidos para realizar una misión en el País del Mar, en donde tendrán que derrotar a un monstruo que ataca a los barcos. Aquí, Anko, empieza a recordar cosas de su niñez con Orochimaru.
¬Cuidando al niño rico: Episodio 174: Le encargan a naruto hacer de guardaespalda del hijo de un hombre rico, que piensa que todo se soluciona con dinero. Deberá llevarselo a hacer unas misiones menores.
¬Cazadores de tesoros: Episodios 175-176: Naruto es enviado junto con Kiba y Hinata en busca de un tesoro enterrado. Si fallan la misión, serán devueltos a la academia.
¬En busca del ninja cartero: Episodio 177: Naruto se encuentra con Jiraiya en un pueblo, intentando acabar su nueva novela. Entonces, Naruto decide ayudarle a acabarla y confía su manuscrito a un Ninja cartero, mezclándolo con un paquete de vital importancia para la paz con otra aldea.
¬La Villa Oculta de la Estrella: Episodios 178-183: Naruto, Tenten, Neji y Lee son elegidos para llevar a cabo una misión en la Villa Oculta de la Estrella. Deberán proteger un meteorito con poderes especiales. Sin embargo, muchos secretos se guardan alrededor del meteorito y no dejan salir ninguno a la luz cuando lo roban.
¬El largo día de Kiba: Episodio 184: Akamaru es infectado con un arma que hace que se vuelva salvaje. Kiba debe intentar salvarlo, ya que si no, lo sacrificarán.
¬El legendario Onbaa: Episodio 185: A Naruto se le pega un Onbaa y no puede despegárselo de la espalda hasta que sea mayor. Como Tsunade lo considera peligroso y no le gusta, envía a Naruto a hacer misiones especiales.
¬Shino se ríe: Episodio 186: Naruto y Shino son elegidos para escoltar a Fuuta, el próximo heredero del clan Kagetsu. Deberán de protegerlo de que no le hagan reír, ya que si se ríe, no heredará nada.
¬Centro de mudanza de Konoha: Episodios 187-191: Naruto, Chōji y Hinata son elegidos para llevar a cabo una misión de protección y mudanza en el País de la Verdura. Se encontrarán con 3 ninjas muy poderosos.
¬El paraíso regordete: Episodio 192: Escogen a Ino para suplantar en una cita a la princesa Fuku. Su misión es ir a la cita antes de la boda y hacerse pasar por la princesa, ya que esta comió demasiado y engordó.
¬El Dojo de Lee: Episodio 193: Lee, ante las ganas de entrenar, construye su propio dojo. Su maestro, Gai, tenía pensado desafiarle, pero le surge una misión. Ante la salida del pueblo de Gai, un tipo lo suplanta para descubrir los secretos de Konoha.
¬El castillo maldito: Episodio 194: Envían a Naruto, Hinata y Kiba a la Tierra de la Miel, en busca de la esposa del daimyo. Allí son atrapados con un castillo maldito y deberán escapar de él.
¬El nuevo aprendiz de Gai: Episodios 195-196: Gai tiene un nuevo aprendiz, Yagura. Sin embargo, este chico lo que busca es la venganza de su padre, al a ver sido derrotado en el pasado por Gai.
¬Los planos de Konoha: Episodios 197-201: Gennou, un viejo carpintero, roba los planos de los edificios de la villa de Konoha. Ante esto y el miedo de que pueda ser para una invasión, Tsunade nombra a Shikamaru el líder de los 10 genin para investigar la situación.
¬Las 5 mejores batallas: Episodio 202: Un especial que muestra las 5 mejores batallas del anime. Cuentan con Sasuke como invitado especial.
¬El clan Kurama: Episodios 203-207: Kurenai decide dejar ser la líder del equipo 8 para poder encargarse de un viejo asunto con una discípula que tuvo.
¬Kacho Fugetsu: Episodio 208: Naruto y Kiba deben proteger a un alfarero famoso y a su cuenco. En cambio, este los trata como simples armas, que no le importaría que muriesen.
¬Shinobazu: Episodios 209-212: Naruto, Lee y Sakura deben vigilar el traslado de un miembro de los Shinobazu. Que son, ninjas renegados que se dedican a robar.
¬Menma: Episodios 213-215: Naruto encuentra a un muchacho con amnesia que porta una ocarina muy especial. Como no recordaba su nombre, Naruto le pone Menma e intenta ayudarle a recordar su pasado.
¬Devolviendo el favor: Episodios 216-220: En la Villa de la Arena, secuestran a Matsuri, la alumna de Gaara. Lo que intentan es atraer la atención de este a una trampa. Entonces, en Konoha, forman el mismo equipo que fue en busca de Sasuke, para poder devolverles el favor y ayudarles.

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KAKASHI GAIDEN

¬Kakashi Gaiden: Capítulos 239-244 (solo manga): Es una intermisión entre Naruto y Naruto: Shippūden. Esta saga es un flashback que cuenta como Kakashi consiguió su Sharingan y la cicatriz de su ojo izquierdo. También explica algunas cosas de Kakashi, como por qué está empeñado en el trabajo en equipo de tres y su falta de puntualidad.

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NARUTO SHIPPUDEN
¬Rescate Gaara: Episodios 3-actual, capítulos 248-281: El quinto Kazekage, Gaara, es secuestrado por Akatsuki. El equipo Kakashi es enviado a la Aldea Oculta de la Arena como ayudante. La misión cambia a una misión de rescate como equipo Kakashi y con Chiyo de la arena de ayuda, persecución del equipo después de secuestrar a Gaara.
¬Exposición: Capítulos 282-284: Naruto intenta encontrar a un miembro substituto del equipo para interceptar al espía de Sasori. Naruto se junta con Shino, Kiba, Hinata, Choji, Ino, y Shikamaru otra vez. El equipo Kakashi consigue temporalmente dos nuevos miembros del equipo, Yamato (que substituye Kakashi como líder) y Sai (Naruto) (que substituye Sasuke). Mientras tanto, Tsunade tiene que ocuparse de la desconfianza de las ancianos de la aldea.
¬Sasuke y Sai: Capítulos 285-310: El nuevo equipo Kakashi consigue una cierta información recibida de Sasori sobre una reunión con un espía entre los seguidores de Orochimaru. La reunión falla cuando el espía, Kabuto Yakushi, resulta todavía ser leal a Orochimaru. Más adelante, el equipo Kakashi invade la base de Orochimaru en la búsqueda de Sai, que había traicionado a equipo en las órdenes de su superior de la raíz, Danzo. Naruto y Sakura finalmente ven de nuevo a Sasuke por primera vez desde su desercion de Konoha 2 años y ½ atras. Sasuke, sin embargo, está lejos de lo que él era.
¬Hidan y Kakuzu: Capítulos 311-342: Después de volver del país de la hierba, Kakashi y Yamato comienzan el entrenamiento de Naruto así que él puede crear su propio jutsu. Mientras tanto, Akatsuki comienza a conseguir bestias con dos colas más activas, que capturan inmediatamente. Cuando dos miembros de Akatsuki, Hidan y Kakuzu, llegan a la tierra del fuego, Tsunade moviliza el 80% de los ninja de Konoha para ocuparse de la amenaza. Sin embargo, Asuma Sarutobi es asesinado por Hidan en batalla.
¬Corriente: Capítulos 343-Actual: Mientras que el equipo Kakashi abanza en su lucha contra Akatsuki, Sasuke derrota a Orochimaru y comienza a formar a un nuevo grupo con los subordinados anteriores de Orochimaru. Sasuke forma el grupo "Serpiente" y tiene intención de ir a matar a Itachi. Naruto quiere también ir a por Itachi, para encontrar a Sasuke